procurando na internet se contra uma caralhada de soluções para isso, não gosto da maioria delas pois envolve sobreescrever arquivos de pacotes que podem novamente ser sobreescritos em algum update e você pode perder a sua configuração e ter que procurar tudo novamente.

simples, inclua a linha “GTK_IM_MODULE=cedilla” no final do arquivo “/etc/environment”:

$ sudo echo GTK_IM_MODULE=cedilla >> /etc/environment

testei no Ubuntu, mas provavelmente funciona na maioria das distros. talvez o arquivo para as outras não seja o mesmo, mas sempre tem algum equivalente.

UPDATE: escrevi este post há décadas e como tenho usado pouco Linux em ambientes desktop/notebook, não tenho precisado desta configuração, porém, recentemente testei no Ubuntu 10.10 (Maverick Meerkat) e ainda funciona.